În momentul în care avionul 627 aterizează în Boston fără nici un pasager sau membru al echipajului în viață, agentul special FBI Olivia Dunham este desemnată să investigheze ciudatul caz. Când partenerul său, John Scott, aproape că este ucis în timpul anchetei, Olivia apelează la omul de știință Walter Bishop. Problema este că Walter și-a petrecut ultimii 17 ani închis într-un ospiciu și, pentru a lua legătura cu el, Olivia trebuie să apeleze la Peter, fiul lui Walter.