Lilly şi soţul ei, Sam Cooper, directorul unei săli de fitness, s-au căsătorit la biserica din Cranham, Gloucestershire, Marea Britanie, unde au o casă. La nuntă au fost prezenţi 100 de invitaţi, iar Lily Allen a purtat o rochie de dantelă creată de designerul francez Delphine Manivet, ea fiind condusă la altar de tatăl ei.
Artista este fericită că este din nou însărcinată mai ales că a pierdut două sarcini, în 2008, pe când avea o relaţie cu Ed Simons de la Chemical Brothers, şi anul trecut în noiembrie, când era însărcinată în şase luni cu un băieţel. Lily şi Sam sunt împreună din vara lui 2009.