Profesorul Xavier (Patrick Stewart) conduce o școală de mutanți numiți X-Men. Aceștia sunt persoane care, datorită unor mutații genetice, au dobândit capacități paranormale. Cyclops (James Marsden) poate emite din priviri un fascicul energetic care să străpungă munții, Jean Grey (Famke Janssen) are calități telepatice și telekinetice, iar Storm (Halle Barry) poate influența după bunul plac condițiile atmosferice. X-Men sunt amenințați de o altă specie de mutanți care se intitulează Homo Sapiens Superior, conduși de maleficul Magneto (Ian McKellen). Acesta din urmă o răpește pe Rogue, membră a X-Men, iar Xavier și elevii săi pornesc să o salveze.